Семена древесных пород могут повреждаться грибами во время хранения, при этом грибы, проникая внутрь семян и повреждая зародыш вызывают или полную или частичную потерю их всхожести. На поверхности семян, в особенности хвойных, иногда находятся споры грибов, которые сами по себе не оказывают вредного влияния на семена, но могут вызвать заболевания сеянцев, вырощенных из этих семян; к числу таких грибов относятся грибы из p. Fusarium, Pythium и др.
На поверхности семян сосны и ели встречаются следующие грибы: Fusarium sp., Penicillium glaucum, Rhizopus nigricans, Dematium pullulans., Verticillium sp. Trichotecium roseum и др. Из этих грибов опасными для сеянцев является только Fusarium. Однако этот гриб встречается на семенах довольно редко.
Для уничтожения этих грибов, часто мешающих искусственному проращиванию семян, можно рекомендовать промывку семян раствором марганцево-кислого калия концентрации 0,25% в течении 2 часов. Дезинфекцию семян перед посевом, как уже было указано выше, можно производить или формалином, или медным купоросом, или другими фунгисидами. Из грибов, наиболее часто встречающихся на дубовых желудях во время их хранения, можно отметить: Penicillium glaucum, Fusarium sp., Trichotecium roseum, Aspergillus niger, Rhizopus nigricans, Coremium sp. и др. Грибы эти, развиваясь в эндосперме, часто повреждают зародыш и делают семена невсхожими.