Под влиянием грибов в древесине могут происходить двоякого рода изменения. В одном случае древесина мало или почти совсем не изменяет своих физических и механических свойств и только принимает ту или иную интенсивную окраску, зависящую от пигментов, выделяемых грибами или от цвета их гиф; такого рода изменения известны под названием окрашивания древесины и типичными примерами его могут служить синее окрашивание от гриба Ceratostomella pilifera и красное окрашивание от Fusarium. В другом случае древесина помимо изменения цвета, разрушается и значительно изменяет свои физические и механические свойства; такого рода изменения носят название гнили древесины и встречаются особенно часто.

Характерной особенностью гнили является таким образом изменение цвета древесины и ее механических, физических и химических свойств. Цвет гнили изменяется в зависимости от стадии гниения и от гриба, ее вызывающего. В конечной стадии гниения гнилая древесина становится или светлее, или темнее окружающей ее здоровой древесины. В зависимости от этого различают: 1) белые гнили (светлые цвета — белый, желтый и др.) и 2) бурые гнили (темные цвета — темно-коричневый, бурый, красный и др.). Цвет гнили при этом может быть или однородный, или же на основном фоне образуются светлые пятна и полосы, происходящие от образования целлюлозы. В последнем случае гниль называется пестрой гнилью.

Характерной особенностью грибной гнили является присутствие в древесине мицелиальных пленок и, в некоторых случаях, особых темных линий, известных под названием "черных линий" (black- lines), являющихся местом скопления особого красящего вещества и темно-окрашенных гиф гриба. Окраска гнили, внешний вид пленок и черных линий могут служить признаками для отличия гнилей друг от друга. Кроме указанных признаков, в гнилой древесине между здоровой и загнившей частью часто образуется более или менее широкая темная зона, известная под именем раневого ядра. Темный цвет раневого ядра зависит от скопления в его клетках особого красящего вещества.